แบ็กกิตได้รับตำแหน่งสูงสุดตำแหน่งสุดท้ายเป็นอาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์เบอรีในปี ค.ศ. 1162 หลายเดือนหลังจากการเสียชีวิตของทีโอบอลด์ พระเจ้าเฮนรีมีพระราชประสงค์ขยายอิทธิพลของพระองค์ในการพยายามควบคุมการกระทำของเบ็คเค็ทผู้ที่พระองค์ทรงแต่งตั้ง และทรงพยายามลดอำนาจของสถาบันศาสนาในอังกฤษ แต่แบ็กกิตเริ่มแสดงความเปลี่ยนแปลงและหันเข้าหาความเคร่งครัดทางศาสนาในระยะเดียวกันนี้

ความเปลี่ยนแปลงก่อให้เกิดความขัดแย้งระหว่างพระเจ้าเฮนรีและแบ็กกิต เมื่อเบ็คเค็ทลาออกจากการเป็นอัครมหาเสนาบดี และรวบรวมรายได้ของแคนเตอร์บรีให้มาอยู่ภายใต้การควบคุมของตน การกระทำดังกล่าวนำมาซึ่งความขัดแย้งทางกฎหมายเช่นปัญหาเรื่องขอบเขตของอำนาจของศาลปกครองที่มีต่อนักบวชอังกฤษ ซึ่งเป็นผลที่เพิ่มความเป็นปฏิปักษ์ระหว่างสถาบันพระมหากษัตริย์และคริสตจักรมากยิ่งขึ้น พระเจ้าเฮนรีจึงทรงเริ่มพยายามที่จะหาเสียงสนับสนุนจากบิชอปคนอื่น ๆ อื่นๆ ในการต่อต้านเบ็คเค็ทใน เวสต์มินสเตอร์แอบบีย์ในเดือนตุลาคมปี ค.ศ. 1163 เมื่อทรงพยายามแสวงหาการอนุมัติพระราชอภิสิทธิ์ ที่นำมาซึ่งธรรมนูญแคลเร็นดอน ธรรมนูญฉบับนี้เป็นการบังคับให้เบ็คเค็ทลงนามอนุมัติพระราชอภิสิทธิ์หรือไม่เช่นนั้นก็จะต้องประสบกับผลอันไม่พึงประสงค์ทางการเมือง